《萌宝战警》讲述了豆丁、可乐、可诺、石头四位天性正义善良的小朋友借助机甲武装的神奇力量，组成战队，在重重困难面前，众人齐心协力，善用科学，勇往直前，不畏艰险，用勇气与智慧战胜邪恶势力科学怪咖“铁算盘”，保卫家园小石城并寻找神秘失踪的豆瓣博士。
三年前的 8 月 31 日，突如其来的“侵略者”，—艘巨大的“母舰”降落至东京上空，世界似乎迎来了终结……在那之后，绝望融入了日常生活，巨大的圆盘飘浮在上空的世界持续到现在。小山门出、中川凰兰两个高中少女，在这个走向终结的世界中，挥洒着自己的青春时代。
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没有多少人知道每家每户都有芬兰妖精居住。它们是一群毛茸茸的生物，出现在人类世界中是为了照顾房子和保持炉火。芬尼克是一个年轻的芬兰妖精，他似乎不在乎自己的责任，把房子变成一个家。他喜欢在家里搞恶作剧，这就是为什么没有一个家庭愿意在他的房子里待很长时间的原因。当一个新的家庭来到他的家时，一切都变了，芬尼克的恶作剧根本不起作用，他遇到了13岁的克里斯蒂娜，令人费解的事情开始在城里发生。芬尼克和克莉丝汀是如此不同，他们将不得不合作，共同解开事件的谜团，拯救这座城市。
