一千年前，血月当空，空间裂缝开启，怪兽时代降临！无数怪兽，肆虐全球，就在人类即将面临着彻底灭亡的时刻，兽魂师的诞生，给全人类带来了希望的曙光，伴随着兽魂师的一代代传承和发展，人类成功创造出了新的文明秩序来对抗怪兽的入侵！
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炎热的假期，男孩里奇（查理·罗 Charlie Rowe 饰）和妹妹跟随身为考古学家的叔叔（Karl Urban 饰）来到了辽阔壮丽的阿拉斯加，体验一次难得的寻访史前动物的旅程。在森林中，他受到一只乌鸦的指引，竟然穿越时空来到了七千万年前的白垩纪中期。在某个厚鼻龙家族中，小家伙派西（Justin Long 配音）刚刚出生就被伤齿龙在脑袋上开了一个大洞，幸运活下来的他注定拥有传奇的一生。时光荏苒，派西和伙伴们一天天长大，他也偶然邂逅令之心动的女孩裘妮波（Tiya Sircar 配音）。厚鼻龙家族的大迁徙开始，但从旅途之处便伴随着大火和猎杀。
内向的太空公主萨伊拉被迫离开她的家乡克利托波利斯星球，展开了一段跨越星际的彩虹任务，目的是拯救被直白族马里恩人绑架并勒索赎金的前女友。
