这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
遥远的恐龙时代，被称为星际病害随着陨石到地球。就连恐龙也被他们消灭。但是有一群幸存下来经由神圣之力而进化的恐龙在历经奋战后，将邪恶首脑冰冻封印拯救地球。之后它们就与贤神托林以及认同的勇者继续守护世界。随着时间的流逝，被封印的宿敌苏醒。面对地球上的生命被消灭的危机，在托林的努力下，五名勇者集结组成队伍，透过寄宿着恐龙灵魂的“兽电池”来驱动的“兽电龙”一同努力对抗邪恶军团！
人，用自己的双手创造了众多的故事。
过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。
