这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
有一颗神秘的光球从天而降。
自从Toru开始住在Shigo家已经一年了。
忍者并不存在。 ...这就是我们的想法。即使忍者存在，他们也绝不会向我们展示自己的外貌。这就是为什么忍者不“正式”存在。主角卡场和时是一个普通的男孩，他和我们其他人一样相信忍者不存在。他被许诺过正常、快乐和光明的日子……至少他是这么想的。有一天，一时的生命受到威胁，他听说这是一名身穿盔甲的忍者所为。一时的性命为何成为攻击目标？那是因为……他是十九代忍者的合法继承者！伊卡和科卡多年来一直存在冲突，科卡试图入侵伊卡。为了让一时活下去……他别无选择，只能自己成为忍者！就这样，他沉浸在无人知晓的忍者世界中。学习、战斗、面对困难，成为一名成熟的忍者。然而，这只是一时残酷命运的开始……
